La actividad investigadora del Instituto de Investigación Sanitaria Getafe se estructura en torno a seis áreas de investigación, que engloban distintas patologías, sistemas y órganos.

1. Grupo de Investigación en cuidados intensivos. Dir: Dr. José Ángel Lorente Balanza
2. Grupo de investigación en cardiología / patología del corazón. Dir: Dr. Joaquín Alonso Martín
3. Grupo de Investigación en patología vascular. Dir: Dr. José Ramón March García
4. Grupo de Investigación O.R.L. Dir: Dr. Ricardo Sanz Fernández
5. Grupo de Investigación en enfermedades pediátricas / VIH pediátrico. Dir: Dr. Andrés Alcaraz Romero
6. Grupo de Investigación en envejecimiento. Dir: Dr. Leocadio Rodríguez-Mañas.