Una de las principales líneas estratégicas del Instituto de Investigación Sanitaria Getafe es el fomento de la innovación en la atención sanitaria. Dentro del Instituto, la innovación se fomentará tanto a nivel interno en el Hospital Universitario de Getafe como a nivel externo, mediante la colaboración con otras entidades de I+D+i tanto a nivel nacional como internacional.
Para conseguir dichos objetivos, el Instituto cuenta con una Unidad de Apoyo a la Innovación que se dedica a analizar la viabilidad clínica, técnica, comercial y ética de las propuestas de innovación generadas tanto a nivel interno como a través de alianzas con otros grupos de I+D+i.