El Instituto de Investigación Sanitaria de Getafe está compuesto actualmente por el Servicio Madrileño de Salud, el Hospital Universitario de Getafe, la Universidad Europea de Madrid y la Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Universitario de Getafe y la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid. Su forma de gobierno se basa en un modelo en el que el Instituto de Investigación carece de personalidad jurídica propia y la Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Universitario de Getafe actúa como estructura de gestión.
El Hospital Universitario de Getafe constituye el NÚCLEO del Instituto según establece el RD 339/2004 de acreditación de Institutos
La Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Universitario de Getafe actúa como estructura única de gestión de la investigación, separada de la estructura de gestión asistencial y docente.
